Chaque année, la CNSA verse aux départements un concours pour le fonctionnement des MDPH.

Le mécanisme de répartition de ce concours entre les départements repose sur une part fixe (composée de cinq critères) et une part variable (composée de trois critères). Les articles L223-8 et du R178-3 et suivants du code de la sécurité sociale précisent les modalités d'application et de répartition.

Depuis 2017, la CNSA verse également la dotation de l’État aux MDPH pour financer les postes vacants suite au départ de personnel mis à disposition par l'État, ainsi que leurs dépenses de fonctionnement. Ces crédits complètent le concours versé par la CNSA.