Nommé par décret pour une durée de trois ans, le directeur est responsable du bon fonctionnement de la CNSA. Il prépare les délibérations du Conseil, et met en œuvre les orientations et les décisions qui en résultent. Le directeur est responsable de la mise en œuvre de l’ensemble des missions de la Caisse ainsi que de la réalisation des objectifs définis dans la convention d’objectifs et de gestion avec l’état. A ce titre, il recrute le personnel et assure la gestion de son budget.
Le directeur rend compte périodiquement au Conseil de la mise en œuvre de ses orientations, ainsi que de la gestion de l’établissement.
Fin 2009, l’effectif est de 89.66 équivalents temps plein, organisé autour des principales missions de la CNSA : Gestion des fonds et des flux financiers Mise en place des systèmes d’information Allocations budgétaires aux établissements et services médico-sociaux Appui aux Maisons départementales des personnes handicapées Expertise sur les outils de la compensation
Tant pour ce qui est de l’appui à la mise en place des Maisons départementales des personnes handicapées que pour la mission de répartition des ressources en matière d’offre collective, les missions de la CNSA reposent en grande partie sur un échange permanent avec les acteurs locaux, services déconcentrés de l’état, conseils généraux, associations... Les équipes de la Caisse se rendent dans les départements et en région, ces rencontres et les informations échangées étant une des conditions de réussite pour la Caisse.